Зі смертю кошового отамана Івана Сірка завершується героїчна доба Війська Запорозького. Як свідчить історик А. Кащенко, кошові отамани, яких обирала Січ після Івана Сірка, були люди „нікчемні”, дбали проти війська, тихо підкорялися волі московського царя і поставленого ним гетьмана. У зв’язку з цим занепав і козацький флот, морські походи і баталії лишилися тільки в розповідях старих козаків.
Так тривало 10 років. Та на Січі залишились полковники-„морські вовки”, побратими Сірка, які, незважаючи на руїну України та мирові угоди царя з султаном, твердо і послідовно відстоювали морські інтереси Запорожжя. І перший серед них був полковник Михайло Самойленко.
Де і коли народився, коли Самойленко прибув на Січ в архівах відомостей не залишилося. На Січі він виступає вже досвідченим і авторитетним козаком у походах Івана Сірка.
Слід зазначити, що вихід в море для запорожців був життєво важливим. Це і шлях по сіль, і риболовля в морі й у лимані та торговий шлях до Криму. Бо не завжди козаки з Кримом воювали, але й жили з ним роками дружно і навіть браталися. Сам Сірко нераз подавав цьому приклад.
По смерті Сірка шлях козакам в море був закритий. Тож першим „відчинити ворота Дніпра” взявся полковник Михайло Самойленко.
Перша спроба боєм відновленої козацької ескадри виявилася вдалою. Вдаривши на Кизи-Кермен і Тавань, козаки захопили не лише ясир, а й казну кримського хана і два турецьких бойових кораблі. Повертався Самойленко на Січ з гарматним салютом на честь нової звитяжної перемоги козацького флоту. На Січі почали готуватися до нових походів.
Через рік, у 1692 році, Самойленко своєю ескадрою атакував Очаків, та здолати опір турецького гарнізону, який активно підтримувала кримська орда, козакам не вдалося.
У 1694 році козацька ескадра змінила район своїх бойових дій. Увійшовши у річку Самару, козаки перетягли чайки волоком і у гирлі Самари об’єдналися з донцями. Спільно переправившись через Сиваш, об’єднана козацька ескадра атакувала десантом Чонгар. Оволодівши цим турецьким містечком, козаки захопили в бою сім гармат і бойовий прапор.
Після бою донські козаки з трофейним прапором і трьома гарматами повернулися до Черкаська, а запорожці з рештою трофеїв ще протягом кількох тижнів вели розвідку в Азовському морі.
У 1695 році молодий московський цар Петро І, готуючись до свого першого азовського походу, вже сам запропонував запорожцям „отворить ворота Днепром в Очаковский лиман и в то же Евксинское море”. З метою полегшити собі штурм Азова, цар бажав, щоб запорожці скували боєм флот і частину турецьких військ в гирлі Дніпра. Гетьман Іван Мазепа „для промыслу против врагов Святого креста” надав допомогу Січі човнами, гнутим залізом та надіслав їм діжки з порохом і смолою. На допомогу козакам прийшли і російські підрозділи боярина Шеремєтєва.
У середині липня козацька ескадра Михайла Самойленка почала спускатися на чайках вниз Дніпром. Піший загін козаків разом з російськими підрозділами йшов берегом. Козацька ескадра в цій операції йшла авангардом. 31 липня запорожці Михайла Самойленка разом з російськими військами взяли штурмом Кизи-Кермен, а слідом і Тавань. Удар і штурм були такими навальними, що гарнізони турецьких фортець Аслам-Кермен і Шагин-Кермен, куди затим направились козаки, просто втекли в Очаків, не чекаючи облоги.
Звільнені фортеці Самойленко тут же засадив запорозькими гарнізонами і направився до Очакова. Під Очаковом відбулася велика битва. Турецькі війська, здавши місто, закрились у фортеці. З лиману їх рясним вогнем з важких гармат підтримувала турецька ескадра, проти якої козаки нічого вдіяти не могли.
Облога Очакова тривала до грудня. Вже й звістка прийшла, що цар Азова не взяв, а козаки ще штурмували очаківські мури.
Зваживши, що сил у нього замало, та що турки укріпилися міцно і постійно отримують з моря резерви, полковник Самойленко захопив у навколишніх улусах великі отари овець, череди верблюдів і худоби і безперешкодно погнав їх на Січ.
Невдача під Азовом і похваляння гетьмана Івана Мазепи перед царем про бойові успіхи козацької морської піхоти, яка успішно штурмувала турецькі фортеці з води і з суші, привели Петра І до думки, що для перемоги йому треба будувати сильний флот. Цар тут же звелів Мазепі відрядити запорозьких майстрів до Брянська будувати бойові кораблі. Але це вже інша історія.
Що стосується полковника Михайла Самойленка, то після цього морського походу його слід в історії губиться.
Напевно, загинув у якомусь бою з ординцями чи помер, бо вже наступного року запорозьку ескадру в море повів інший полковник. Та як би не склалася доля Івана Самойленка, пам’ять про цього талановитого, відважного і відданого морю флотоводця назавжди має жити і шануватися у Військово-Морських Силах, бо він відродив бойову славу національного флоту України.